Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Toraja adalah salah satu lembaga Pendidikan Tinggi yang berada di bawah naungan Departemen Agama c.q. Dirjen Bimas Kristen Departemen Agama, berdasarkan KePres No. 27 Tahun 2004 tanggal 12 April 2004 tentang Pendirian Sekolah Sekolah Tinggi Agama Kristen Palangka Raya dan Sekolah Sekolah Tinggi Agama Kristen Toraja. Berdasarkan KePres ini, dikeluarkan Keputusan Menteri Agama (KMA) No. 347 tentang Organisasi dan Tata Kerja Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Palangka Raya dan Sekolah Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Toraja.

STAKN Toraja adalah lembaga pendidikan yang cikal-bakalnya adalah Sekolah Tinggi Teologi Rantepao (STT Rantepao). STT Rantepao sendiri adalah lembaga pendidikan teologi yang didirikan oleh Gereja Toraja pada tanggal 1 Oktober 1964. STT Rantepao lahir dari pergumulan dan keinginan Gereja Toraja untuk memiliki lembaga pendidikan tinggi Teologi untuk mempersiapkan dan menghasilkan tenaga-tenaga pelayan yang masih dirasakan sangat kurang waktu itu.

Sekolah Tinggi Teologi Rantepao yang dikelola oleh Yayasan Pendidikan Teologi Gereja Toraja (YPTh), telah menghasilkan banyak tenaga-tenaga pelayan dalam lingkungan Gereja Toraja dan gereja-gereja lain (seperti: Gereja Toraja Mamasa, Gereja Protestan Indonesia Luwu, Gereja Protestan Sulawesi Tenggara, dll). Selain itu, juga telah dihasilkan guru-guru agama Kristen yang telah mengabdikan dirinya pada berbagai jenjang pendidikan di berbagai tempat, baik sekolah negeri maupun pada sekolah-sekolah swasta.

Seiring dengan perjalanan waktu, Gereja Toraja menyambut positif keinginan pemerintah untuk mendirikan Sekolah STAKN di Tana Toraja, sehingga tidak keberatan jika keinginan itu direalisasikan melalui pendidikan teologi yang sudah ada yaitu STT Rantepao. Oleh karena itu STT Rantepao diserahkan ke negara c.q. Departemen Agama untuk diproses menjadi Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKN) Toraja melalui Keppres No. 27 Tahun 2004 tanggal 12 April 2004.

Dalam lembaga pendidikan ini, UPT Perpustakaan STAKN Toraja berada dan menjalankan tugas dan fungsi perpustakaan. Perpustakaan STAKN Toraja menjadi bagian integral dari kegiatan pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat dan berfungsi sebagai pusat sumber belajar untuk mendukung tercapainya tujuan pendidikan di STAKN Toraja.

Selanjutnya STAKN Toraja bertansformasi  menjadi Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Toraja. Dengan diundangkannya Peraturan Presiden No.22 Tahun 2020 tentang Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Toraja. Dan di tingkat institut pun Perpustakaan STAKN Toraja. Mengikuti perubahan nama sama seperti lembaga induknya. Maka menjadi Perpustakaan IAKN Toraja dengan tetap menjalankan tugas dan fungsinya yang merupakan bagian integral kampus IAKN Toraja . Dalam Struktur Organisasi IAKN Toraja adalah merupakan Unit Pelaksana Teknis (UPT).